В центре повествования кинодрамы «Мальчик в полосатой пижаме» находится история мальчугана Бруно, попавшего под безжалостную машину пропаганды своей страны. Мальчишка рос в семье нацистского чиновника и о проходящей по миру войне практически не знает. Потому как видит мир только исключительно с собственной детской и наивной стороны. Однажды отца маленького героя переводят на новую, достаточно престижную должность – начальника концлагеря и вся семья перебирается жить в новое место. Семейству Бруно не нравится жизнь близ лагеря.

Где постоянно уничтожаются евреи, однако сам мальчишка не понимает, что именно твориться на «ферме» - своеобразном загоне, огороженном странной проволокой, где собралось много людей в странной одежде-пижамах. Однажды юный герой играл возле ограждения и познакомился с мальчиком Шмуль, чье имя показалось маленькому герою слишком странным. Бруно помнил множество агитроликов из пропагандистских выступлений немецкого командования и считал, что Шмуль очень хорошо устроился на этой «ферме». Только вот знакомство двух наивных мальчиков, впоследствии переросшее в дружбу, дало достаточно непредсказуемые результаты. И маленький парень может только пожалеть о таком знакомстве.