Беззаботные будни бравого моряка прерываются во время очередного заплыва. Маршрут, проходящий вдоль опасной пиратской зоны, становится роковым знамением для экипажа. Перевозка груза становится второстепенным вопросом, когда четверо сомалийцев берут на абордаж огромное судно. Благодаря личной предусмотрительности «Капитан Филлипс» успевает предупредить подопечных о назревающей угрозе. Члены команды прячутся в укромном люке, чтобы не стать пленниками налетчиков. Командование запаздывает с отсылкой спасательной бригады, потому лидеру экспедиции приходится самостоятельно удерживать главаря бандитов от обыскивания корабля.

Оказавшись заложниками упрямства смелого американца, захватчики решаются прихватить при побеге единственного спутника. Штурман убеждает друга не поддаваться на провокационный шантаж иностранных пиратов, но смельчак отказывается рисковать жизнями спутников. Отчаянное согласие на странствие вместе с вооруженными вредителями минимизирует шансы благородного мужчины на выживание. Беседы с лидером бандитской группировки проясняют пленнику суть будущих действий врага. Обреченные люди, привыкшие насилием завоевывать оружие и прочие блага, готовы погибнуть, но не согласятся безвозмездно отпустить заложника.